Kruidengeneeskunde, ook wel fytotherapie, ('behandeling met planten') genoemd, is het behandelen van gezondheidsklachten en ziekten met plantaardige middelen.

In de kruidengeneeskunde gebruikte plantaardige middelen noemt men kruidengeneesmiddelen of fytotherapeutica. De definitie van de Nederlandse Vereniging voor Fytotherapie luidt: "Geneesmiddelen die als actieve ingrediënten uitsluitend planten, delen van planten of plantenmaterialen of combinaties daarvan bevatten, in ruwe of bewerkte staat.

Fytotherapie wordt zowel in diverse natuurgeneeswijzen als op beperkte schaal in de reguliere context gebruikt. Veel fytotherapeutische kennis is gebaseerd op eeuwenlang behouden en doorgegeven gebruiken. Vanuit deze kennis zijn veel enkelvoudige geneesmiddelen ontwikkeld, bijvoorbeeld digoxine en reserpine.

Kruidengeneeskunde kent verschillende oude tradities. De farmacie is begonnen met de traditionele kennis van kruidengeneesmiddelen. Deze worden in talrijke culturen gebruikt, onder andere de westerse natuurgeneeskunde, de antroposofische, de traditionele Chinese geneeskunde en de Ayurveda. De filosofie achter het gebruik van fytotherapie verschilt per cultuur.